En effet, la permanence des structures a des effets pervers : les personnes qui ont étudié ce ministère restent frappées par sa construction sédentaire. Les ajouts supplémentaires se sont faits sans intégration, par simple juxtaposition, d'où le caractère cloisonné et compartimenté du ministère. En outre, depuis sa création, le ministère doit prendre en compte l'éternelle opposition entre l'autonomie constitutionnelle de l'autorité judiciaire et le pouvoir exécutif qui se doit d'organiser le service public de la justice. Enfin, une des grandes caractéristiques du ministère est son centralisme qualifié souvent d'excessif qui peut sembler paradoxal eu égard à l'autonomie des juridictions : il puise sa justification dans la mission assurée par le ministère dans le domaine de la loi d'une part et, d'autre part, dans les conséquences à tirer des décisions juridictionnelles. Néanmoins, une certaine déconcentration existe qu'on a pu qualifier de "déconcentration de saupoudrage" : il n'existe pas de service déconcentré unique (cours d'appel, directions interrégionales de l'administration pénitentiaire, délégations interrégionales de l'éducation surveillée).

Face à ces difficultés, la réorganisation de 1964 qui consacre la disparition de la direction du personnel et de la comptabilité dont les attributions sont éclatées entre deux nouvelles directions (direction des services judiciaires et direction de l’administration générale et de l’équipement) a un triple objectif :

• D'une part, elle vise à affirmer le rôle de la Chancellerie en matière de législation civile : la direction des affaires civiles et du sceau est déchargée de certaines attributions (organisation judiciaire, gestion des professions judiciaires - à l'exception des commissaires-priseurs et des notaires qui relèvent alors du bureau du droit civil général) au profit de la nouvelle direction des services judiciaires. Celle-ci devait également concourir, avec la direction des affaires civiles et du sceau, à l'élaboration des réformes en matière de procédure (on remarquera que la collaboration avec la direction des affaires criminelles et des grâces n'est pas envisagée.)
• D'autre part, elle veut confier à la nouvelle direction des services judiciaires la responsabilité d'ensemble du monde judiciaire et de son avenir "aussi bien dans son organisation qui est celle d'un service public que dans ses hommes et dans ses modes d'action". Elle s'articule autour de deux sous-directions : magistrature et organisation judiciaire qui regroupe les attributions concernant l'organisation du service public judiciaire, les statuts, le recrutement et la formation du personnel (fonctionnaires et magistrats, bien qu’en fait la formation des magistrats lui échappe, puisque c'est l'école nationale de la magistrature qui s'en charge), l'emploi et la gestion de ces personnels, ainsi que l'organisation statutaire et la gestion des professions judiciaires qui concourent directement à l'exercice des activités juridictionnelles (avocats, avoués, huissiers... ).
• Enfin, elle crée une direction horizontale (la direction de l'administration générale et de l'équipement) pour remédier à la dispersion des efforts concernant la gestion administrative, financière et d'équipement. Le décret dispose donc : "les attributions de gestion financière, d'équipement mobilier et immobilier et de service commun doivent dans leur ensemble être exercées par la direction de l'administration générale et de l'équipement. Ainsi, une direction des "moyens", d'intérêt commun à tous les services relevant du garde des sceaux se trouvera constituée pour la première fois au ministère de la Justice en unité d'administration centrale distincte, regroupant des éléments actuellement répartis dans plusieurs directions." A l'origine, la DAGE a une structure assez simple à deux subdivisions : une sous-direction de l'administration générale et des affaires financières et une sous-direction de l'équipement.

 → La direction des services judiciaires

Des réformes importantes marquent alors la vie judiciaire et par voie de conséquence l'organisation de la direction. La fonctionnarisation des greffes intervient en 1965: les effectifs des greffes sont ainsi passés de 3250 à près de 18000 fonctionnaires (chiffres de 1989). L’Etat prend également en charge les conseils des prud'hommes en 1979tandis que, dans le cadre de la répartition des compétences entre les communes, les départements et l'Etat, le ministère a, dans un mouvement inverse à celui de la décentralisation alors mise en place, pris en charge les frais de fonctionnement et d'investissement des juridictions de l'ordre judiciaire (art. 87 de la loi du 7 janvier 1983). Cette mesure a ainsi touché un ministère relativement peu habitué, jusqu'alors, à des tâches de gestion immobilière.

Très rapidement, la structure de la direction mise en place en 1964 se modifie : elle n'assume pas très longtemps ses attributions en matière de professions judiciaires, puisqu'en 1972, une note de service du garde des sceaux décide de regrouper au sein de la direction des affaires civiles "les questions concernant l'ensemble des professions judiciaires et juridiques". En ce qui concerne la gestion des crédits, le seul bureau gestionnaire responsable des engagements était celui des magistrats. Le bureau de l'organisation judiciaire était chargé, en liaison avec la DAGE, de l'évaluation des besoins et de la préparation des programmes d'équipement, ainsi que du fonctionnement des juridictions (en ce domaine, il ne s'occupait que des textes les concernant). On peut dès lors constater que des écarts existent entre les objectifs de 1964 ("une direction responsable du monde judiciaire") et la réalité (une direction qui perd ses compétences relatives aux professions judiciaires en 1972, dont la plupart des bureaux sont des bureaux de personnel et dont le seul pouvoir d'engager s'applique à des dépenses de personnel).

L'arrêté de 1983 prend acte de la suppression du bureau des professions et de la création, en 1974, de l'école nationale d'application des secrétariats-greffes (dénommée depuis école nationale des greffes), service extérieur sans personnalité morale, directement rattaché au directeur des services judiciaires. La réforme principale est la création d'une sous-direction des greffes marquant par-là une reconnaissance de ces professions et sanctionnant la fonctionnarisation des greffes. Ses attributions sont la gestion administrative des personnels des services judiciaires, sauf les magistrats ; l'amélioration du fonctionnement des greffes tant sur le plan des dispositifs juridiques, de l'implantation des matériels bureautiques et informatiques, que de la formation du personnel. Elle se compose de trois bureaux : fonctionnaires des services judiciaires, affaires générales des corps des fonctionnaires des greffes, greffes.

On procède à une nouvelle répartition des compétences entres les deux autres sous-directions. La sous-direction de la magistrature, anciennement du personnel, abandonne tout ce qui ne concerne pas les magistrats mais conserve ses fonctions en matière de contentieux des services judiciaires. La sous-direction de l'organisation judiciaire et de la programmation perd ses compétences en matière de statut des personnels mais reprend au bureau des magistrats la gestion financière. Avec la création du bureau du fonctionnement des juridictions (le bureau du fonctionnement existait déjà officieusement auparavant mais son activité était moindre, l'équipement des juridictions du premier degré étant alors à la charge des collectivités), elle tente de définir ses propres attributions et celles qu'elle doit partager avec la sous-direction des greffes et avec la DAGE : le bureau détermine les besoins en magistrats de chaque juridiction alors que le bureau des greffes le fait pour les besoins en fonctionnaires, tandis que tous deux étudient le fonctionnement des juridictions et les solutions pour l'améliorer ; par rapport à la DAGE, le bureau donne seulement des avis sur la répartition des moyens budgétaires entre les ressorts des cours d'appel et l'équipement immobilier, mais n'a pas de pouvoir de décision.

 → La direction de l’administration générale et de l’équipement

Dans son rapport sur la DAGE, paru en 1989, la mission relative à l’organisation des administrations centrales (MODAC) trace une évolution mouvante et hésitante de la direction, qui reflète selon elle "les tâtonnements dans la voie que doit suivre la DAGE dès qu'il s'agit de dépasser le cadre de ses activités de base fixé en 1964".

Par le décret du 9 septembre 1970, la direction redevient un simple service, le SAGE, tout en gardant ses principales attributions, précisées dans l'article 4 : " gère l'administration centrale, centralise la gestion financière du ministère, est chargé de l'équipement mobilier et immobilier, étudie en liaison avec les directions l'organisation, le coût et le rendement des services, assure en ce qui concerne les questions d'ordre général intéressant le personnel les rapports avec le ministre de la fonction publique et le ministre de l'économie et des finances".

Au cours des ans, le SAGE voit ses compétences s'élargir. En 1972, est mise en place la division de la statistique, d'abord directement rattachée au chef du SAGE puis incluse dans la sous-direction du budget en 1977.Son rôle est de concevoir et de coordonner les travaux statistiques, former et contrôler les échelons locaux et régionaux chargés du recueil de l'information, entreprendre les travaux d'analyse, d'interprétation et de diffusion des statistiques. La fonction statistique était jusqu'alors assurée par le SEPC (service d'études pénales et criminelles) pour les statistiques en matière civile et criminelle ; le CNERP (centre national d'études et de recherches pénitentiaires) pour l'administration pénitentiaire et le CFRES (centre de formation et de recherche de l'éducation surveillée à Vaucresson) pour l’éducation surveillée. En outre, un conseil de la statistique est créé en 1985 afin de coordonner l'action des différents services et d'harmoniser les cadres statistiques envoyés aux juridictions.

En 1974 est créée la division de l'informatique, chargée de la modernisation des méthodes de gestion. Elle deviendra en 1981 un bureau puis son organisation sera modifiée plusieurs fois en 1984, 1986 et 1988 (conséquence de la création du bureau de l'informatisation des juridictions à la direction des services judiciaires), jusqu'à la création en 1991 de la sous-direction de l'informatique avec trois bureaux et trois départements. L'arrêté du 22 mars 1993 modifie cette structure avec quatre bureaux (programmation et des ressources informatiques, développements informatiques nationaux, architecture technique et de l'implantation, services informatiques). Elle a en outre la charge d'unités délocalisées, les centres de prestations régionaux qui assurent le relais auprès des services déconcentrés.

L'année 1977 marque une étape importante pour le SAGE avec la création d'une sous-direction du budget organisée en deux pôles : division de la statistique d'une part ; bureau du budget, de la rationalisation des choix budgétaires et de la comptabilité d'autre part.

Le SAGE est restauré comme direction par le décret 83-434 du 30 mai 1983, sans changement de sa structure. La même année, le décret du 20 octobre 1983 (modifié par le décret du 12 mars 1993) met en place une structure centrale pour piloter la recherche : le conseil de la recherche du ministère (également placé sous l'autorité du ministère de l'industrie et de la recherche) et dont le secrétariat sera assuré à partir de 1986 par le bureau de la prévision et des études économiques. Il est chargé d'unifier et de coordonner l'action des différents services d'études et de recherches. Le même décret de 1983 crée au ministère deux laboratoires de recherche associés au centre national de la recherche scientifique : le CESDIP (centre d'études sociologiques sur le droit et les institutions pénales) qui reprend les attributions du SEPC et une grande part de celles du CNERP, le CRIV (centre de recherche interdisciplinaire de Vaucresson) qui reprend principalement les attributions du CFRES).

En 1988-1989, l'organigramme de la DAGE subit à nouveau des aménagements : la sous-direction des affaires générales inclut désormais la division de l'informatique, les trois bureaux de la sous-direction du budget changent d'intitulés et deviennent "bureau du budget, bureau de la comptabilité et du contrôle de gestion, bureau de la prévision et des études économiques (interface entre le ministère et le commissariat au plan, ce bureau a ainsi participé à l'élaboration du 10e plan.) et la division de la statistique. La sous-direction de l'équipement s'articulait autour d'une structure simple : bureau du financement, bureau administratif (chargé notamment des subventions aux collectivités locales dont dépendaient la plupart des tribunaux) et bureau technique divisé en secteurs (services judiciaires, services pénitentiaires, éducation surveillée). Cependant, cette organisation n'a pu faire face à l'augmentation des tâches provoquée par le transfert des charges des collectivités locales à l'Etat et le programme "13000". Elle est donc réorganisée en deux bureaux de programmation et deux bureaux d'opérations (chargés de surveiller les antennes régionales et les directions départementales de l'équipement qui conduisent les opérations en province).

 → La direction des affaires criminelles et des grâces

Elle a relativement été peu affectée dans ses fonctions par la réorganisation de 1964. Celles-ci sont ainsi exposées par le décret du 25 juillet 1964 : "elle élabore la législation et la réglementation en matière répressive; elle conduit les études de droit pénal et de criminologie et participe à tous les travaux dans ces domaines ; elle examine en liaison avec la direction des Affaires civiles et du Sceau tous les projets de texte comportant des dispositions pénales ; elle anime et contrôle l'exercice de l'action publique; elle instruit les recours en grâce ou en amnistie et, avec la direction de l’Administration pénitentiaire, les demandes de libération conditionnelle."

L'arrêté du 9 octobre 1964 précise la structure de la direction, où les deux aspects "législatif" et "exécutif" sont distingués en deux sous-directions :

• justice criminelle (regroupe l’action publique, les recours, l'exécution des sentences et l'entraide répressive internationale, les grâces et la libération conditionnelle),
• législation criminelle (législation, droit criminel international et européen et études pénales).

En 1978, face à l'afflux de demandes d'extraditions et de commissions rogatoires internationales, est créé le bureau de l'entraide répressive internationale, chargé des extraditions, des commissions rogatoires, des arrestations provisoires et des transfèrements de détenus. Ces attributions passent au service des affaires européennes et internationales lors de sa création en 1991 mais reviennent à la DACG dès 1996 (bureau de l’entraide répressive internationale et des conventions pénales).

En 1981, la création du bureau de la protection des victimes et de la prévention de la délinquance sanctionne une nouvelle mission dévolue à la direction.

Le 4 janvier 1982, le casier judiciaire national, héritier du casier judiciaire établi au greffe de chaque tribunal depuis 1850 et du casier central (pour les personnes nées à l'étranger ou dont le lieu de naissance est resté inconnu) est inauguré à Nantes par Robert Badinter. A partir de 1982, la gestion est ainsi centralisée pour les 175 casiers judiciaires de la métropole.

 → La direction de l’administration pénitentiaire

La restructuration de 1964 se contente de reprendre les grandes lignes de son organisation antérieure en simplifiant et rationalisant.

L’administration pénitentiaire est toutefois "secouée" dans les années1970 avec notamment les mouvements de grève de l’été 1974. Ils ont pour conséquence les réformes de 1975 qui tentent de soustraire à la promiscuité carcérale les détenus les moins dangereux pour la société : instauration d’un système de peines de substitution (aux courtes peines d’emprisonnement), création d’un second type d’établissement pour peines (les centres de détention axés davantage sur la resocialisation des détenus dans l’esprit des réformes de 1944-1945 tandis que les maisons centrales répondent avant tout au besoin de sécurité publique).

Au niveau de l’administration centrale, le nouvel organigramme de 1978 constitue une étape importante : la mission de réinsertion sociale est renforcée par la création d'une nouvelle sous-direction (le terme "réinsertion sociale" apparaît pour la première fois). L'accent est encore davantage mis sur les actions en milieu ouvert (les missions sont élargies : le bureau du milieu ouvert est créé).

Cette tendance s'accentue dans les années qui suivent puisqu'en 1984, les deux nouvelles sous-directions se forment à partir d'une part, des missions dévolues au milieu fermé (peines privatives de liberté et réinsertion) et, d'autre part, de celles dévolues au milieu ouvert (l'ancien bureau est devenu la division du milieu ouvert) : il s’agit d’accentuer la place et le rôle du milieu ouvert. Au sein d'une même unité est réuni l'ensemble des services dont l'action doit viser à assurer auprès des détenus la double mission de sûreté et de réinsertion. Cette réforme donne au milieu ouvert, à présent érigé en division, les moyens nécessaires pour répondre aux attributions nouvelles résultant des textes récents sur les peines de substitution et des orientations générales de la politique définies par le gouvernement concernant l'action post-pénale et l'assistance aux personnes soumises aux mesures de contrôle. Enfin, les lourdes charges (gestion économique et financière des moyens, planification, programmation et suivi des opérations d'équipement) sont réparties entre deux bureaux de la sous-direction du personnel et des affaires administratives.

 → La direction de l’éducation surveillée

Cette direction est bouleversée par la crise de 1968 à la suite de laquelle elle fait ouvertement le pari de l’éducation en milieu ouvert. Les grands internats ruraux se convertissent peu à peu en centres polyvalents tandis qu’un nouveau plan d’équipement privilégie les petites structures en ville (studios et chambres, foyers). (Sur ce thème, consulter : Le château, une prison sans barreaux ? Un patrimoine au secours des enfants de justice, XIXe-XXe siècles. - Centre d’exposition historique de la Protection judiciaire de la jeunesse, 2007)

En 1971 (décret du 9 septembre), le service de l’éducation surveillée redevient une direction. En outre, l’ordonnance du 23 décembre 1958 complétée par la loi du 4 juin 1970, élargit l’action éducative aux jeunes en danger et distingue donc plusieurs catégories : les mineurs délinquants et les jeunes majeurs (décret du 18 février 1975) relevant de la juridiction pénale, les mineurs en danger relevant de la juridiction civile (selon les articles 375 à 375-8 du code civil le juge des enfants peut prononcer à leur égard des mesures d'assistance éducative, soit par le maintien, soit par le retrait du mineur de son milieu habituel de vie). C’est alors que sont mis en place, d’une part, des services d’éducation surveillée (arrêté du 7 décembre 1976) qui placent sous l’autorité d’un chef de service, l’ensemble des établissements publics d’un département et, d’autre part, des délégations régionales de l’éducation surveillée (décret du 2 mars 1977) qui n’ont aucun pouvoir hiérarchique sur les premiers.

Parallèlement, intervient en 1979 une réorganisation de la direction (arrêté du 27 mars 1979) : inspection des services d’éducation surveillée (publics et privés), sous-directions de l’action éducative (méthodes et formation, affaires judiciaires et prévention générale, personnels) et de l’administration (études et programmes, affaires financières, associations). Les axes prioritaires de la direction sont désormais bien définis : intervenir le plus en amont afin de prévenir au maximum les mesures d’incarcération, mobiliser les imaginations et les volontés afin de disposer du plus grand éventail possible de solutions conduisant à l’insertion (ou la réinsertion). C’est ainsi qu’est créé en 1987 (arrêté du 30 juin) un "service éducatif auprès du tribunal" tandis que la loi du 31 décembre 1987 modifie le régime de détention provisoire à l’égard des mineurs. Se précise également l’implication de l’éducation surveillée dans l’action coordonnée de l’ensemble des services de l’Etat : première circulaire conjointe en 1985 entre l’éducation surveillée et l’éducation nationale, participation de la direction à la lutte contre la toxicomanie, collaboration avec le ministère de la jeunesse et des sports (opérations prévention été), conventions nationales d’action avec les ministères de la culture et de l’environnement, etc.

Avec les lois de décentralisation, est mise en place une organisation originale : l’Etat, conjointement avec les conseils généraux, assure un contrôle permanent, sur les plans pédagogique et financier, d’un secteur d’activité (les associations privées habilitées) qui représente les trois quart de l’activité de l’éducation surveillée et en établit la cohérence avec le secteur public.

La structure de la direction est une nouvelle fois modifiée afin d’améliorer la liaison entre l’action éducative et les décisions de justice. En 1986, l'arrêté du 24 novembre met en place deux sous-directions : prévention et protection judiciaire de la jeunesse, affaires administratives et financières. En outre, est créé un bureau autonome (rattaché au directeur et travaillant en liaison avec les sous-directeurs) : information, synthèse et coordination. Il est chargé de la coordination de l’ensemble des bureaux et s’occupe de l’organisation et du fonctionnement des services régionaux et départementaux ainsi que des établissements accueillant des mineurs. Enfin, l’inspection assure le contrôle administratif, pédagogique et financier des établissements et services de protection judiciaire de la jeunesse du secteur public et du secteur associatif habilité.