En 1989, la mission relative à l’organisation des administrations centrales (MODAC) rendait son rapport concernant le ministère de la Justice. A partir des suggestions et propositions qui y sont contenues, quelques changements affectent le ministère :

• en 1991, la création du service des affaires européennes et internationales, qui rassemble au sein d'un même service l'ensemble des affaires européennes et internationales. (Toutefois, dès 1996, la direction des affaires civiles et du sceau et la direction des affaires criminelles et des grâces se sont vues à nouveau confier, chacune pour ce qui la concerne, la gestion des dossiers sériels relevant de l'entraide internationale).
• Le ministère s'ouvre à l'extérieur avec la création en 1992 d'un service de communication (le SICOM).

 → La direction des affaires civiles et du sceau

Depuis 1972 (le contrôle de l’ensemble des professions judiciaires et juridiques lui est de nouveau dévolu), la direction connaît peu d’évolutions notables.

Le dernier arrêté de réorganisation de la direction des affaires civiles date du 15 janvier 1996 et structure la direction en trois sous-directions :

• législation civile, nationalité et procédure (droit civil général - qui intègre en 1986 les attributions du Sceau, nationalité et procédure, droit public et social),
• droit commercial, droit immobilier et entraide judiciaire civile (l’aspect international est apparu en 1964. La direction perd cette attributions en 1991 avec la création du service des affaires européennes et internationales puis "récupère" ce qui relève de l’entraide judiciaire internationale en matière civile et commerciale en 1996),
• professions (réglementation, gestion, bureau économique, social et international des professions).

 → La direction des affaires criminelles et des grâces

La direction des affaires criminelles et des grâces, peu affectée par la réorganisation de 1964, connaît dans les années 1990 quelques changements significatifs : l'arrêté du 20 juillet 1994 crée une troisième sous-direction sous l'intitulé "affaires économiques et financières et lutte contre la criminalité organisée" qui comprend quatre bureaux et reprend entre autres les attributions du bureau de l'action publique économique, financière et sociale. Cette création traduit l'importance de plus en plus grande prise par la criminalité en matière économique et financière. En outre, un bureau de la police judiciaire est créé au sein de la première sous-direction ainsi qu’un bureau des études dans la seconde.

Une nouvelle réorganisation importante est opérée par le décret du 15 janvier 1996. Le casier judiciaire national reçoit le statut de service du casier judiciaire national. Et dorénavant, il y a rupture entre les traditionnelles action publique et législation pour y redistribuer des pôles de politique pénale, articulés en trois sous-directions : sous-directions du droit pénal général et international, des affaires pénales générales et des grâces. Une sous-direction thématique apparaît : la sous-direction des affaires économiques et financières et de la lutte contre la criminalité organisée, investie de missions en matière de législation pénale économique et de gestion de l'action publique dans les domaines des fraudes et de la corruption, de l'environnement et de la santé publique, de la lutte contre la criminalité organisée. Ainsi, pour la première fois, une même sous-direction est chargée, dans un domaine, tout autant de la législation que de l'action publique.

La structure de la direction connaît une nouvelle évolution avec les arrêtés du 10 octobre 2001. A côté du service du casier judiciaire, les trois anciennes sous-directions sont regroupées en deux nouvelles, dont les compétences portent à la fois sur la législation et sur l’action publique :

• Une sous-direction de la justice pénale générale est chargée de l’élaboration de la législation et des politiques pénales en matière de libertés publiques, de justice de proximité, d’aide aux victimes des infractions pénales, de police judiciaire et d’exécution des peines et des grâces.
• Une sous-direction de la justice pénale spécialisée reçoit des attributions similaires à la précédente (législation et action publique) dans les domaines spécifiques du droit économique et financier ; de la santé publique, du droit social et de l’environnement ; de la corruption, du blanchiment et de la criminalité organisée. Un quatrième bureau gère les questions de droit pénal européen et international, qui demeurent de la compétence de chaque bureau pour ce qui le concerne, et d’entraide répressive, ainsi que la liaison avec les juridictions pénales internationales.

 → La direction de l’administration pénitentiaire

La DAP s'adapte à d'importantes évolutions qui constituent autant de défis : en 20 ans, la population pénale a plus que doublé, atteignant plus de 50.000 détenus (avec l'allongement de la durée des peines) tandis que plus de 100.000 personnes sont prises en charge par les comités de probation et d'assistance aux libérés mis en place en 1959 et restructurés en 1986. Une nouvelle réorganisation intervient donc en 1990 qui doit permettre la mise en place de services unifiés et donc une meilleure coordination entre le milieu ouvert et le milieu fermé. C'est la logique de 1978 (missions tant du milieu fermé que du milieu ouvert réparties entre les sous-directions de l'exécution des décisions judiciaires et de la réinsertion) qui prévaudra.

Parallèlement, est apparue la nécessité de construire de nouveaux établissements et de moderniser les anciens : le ministre de l'époque, Albin Chalandon met en route un énorme chantier pour la construction de 25 établissements totalisant 13000 places. La loi du 22 juin 1987 relative au service public pénitentiaire définit les conditions dans lesquelles l'opération pourrait s'engager. L'enjeu était de taille dans la mesure où il s'agissait de confier au secteur privé des missions jusqu'alors prises totalement en charge par l'Etat : dans les établissements du programme 13000, les groupements privés prennent en charge la restauration, l’hôtellerie, la cantine, la maintenance, la santé, la formation professionnelle, les transports. Est alors mise en place durant le temps nécessaire à l'accomplissement de sa mission, la délégation à la réalisation d'établissements pénitentiaires (DREP) qui est relayée dès 1991 par la délégation au plan pluriannuel d'équipement auxquelles la sous-direction de l'équipement, au sein de la direction de l’administration générale et de l’équipement, prête son concours. Le délégué assure la maîtrise d'ouvrage des établissements pénitentiaires conçus, construits et aménagés dans les conditions prévues par la loi et est responsable de leur mise en service. L'administration pénitentiaire est alors associée notamment pour les problèmes de sécurité. Le rapport de la MODAC, en 1989, analyse la mise en œuvre de ce programme comme une sorte de révolution culturelle de par l'ampleur de la tâche : préparation des cahiers des charges, accélération des recrutements, adaptation de l'appareil de formation.

Le nouvel organigramme répond à un triple objectif : favoriser la mise en place de services unifiés et permettre une meilleure coordination entre le milieu ouvert et le milieu fermé ; développer certains domaines : la section de la participation communautaire est érigée en bureau de l'insertion sociale et de la participation communautaire tandis qu'est créé un bureau de l'action sociale et de la lutte contre la toxicomanie. Dans ce dernier domaine, les efforts entrepris aboutiront à une véritable réforme des dispositifs de soins en milieu pénitentiaire qui intègrent désormais le détenu dans le système général de santé (Loi du 18 janvier 1994, décret du 27 octobre 1994, circulaire interministérielle du 8 décembre 1994); permettre à l'administration centrale de mieux assurer ses missions en répartissant les attributions de la sous-direction du personnel et des affaires administratives en deux unités ; renforcer la communication au sein de l'administration centrale et avec les services déconcentrés.

Quatre sous-directions structurent ainsi la direction : exécution des décisions judiciaires (individualisation et régimes de détention, alternatives à l’incarcération, réglementation et méthodologie), réinsertion (insertion sociale et participation communautaire, travail, emploi, enseignement et formation professionnelle, action sanitaire et lutte contre la toxicomanie), ressources humaines, affaires administratives.

Les structures de la DAP font l’objet d’un profond remaniement huit ans plus tard. Deux décrets du 26 juin 1998 gomment totalement l’ancien organigramme pour en dresser un autre. Cette réorganisation a alors trois objectifs :

• mieux concevoir les politiques pénitentiaires, en se donnant le recul nécessaire pour produire des normes et des projets nouveaux, et mettre en place les processus qui garantissent le succès de ces projets (écoute, analyses d’impact, évaluations, association du terrain) ;
• mieux assurer le pilotage des services déconcentrés et accompagner le développement de la déconcentration, en donnant aux dits services les compétences et la méthodologie pour traiter eux-mêmes la majorité des situations auxquelles ils sont confrontés, tout en assurant un suivi et un contrôle qualitatif de l’activité ;
• mieux structurer la gestion des ressources humaines de l’administration pénitentiaire, et dynamiser les relations sociales, pour accompagner le changement, en prenant davantage la dimension " ressources humaines " dans la conception des normes et des méthodes de travail.

Cette réorganisation a entraîné une redistribution des attributions de chaque bureau. Elle doit alors avoir comme conséquences de clarifier les rôles des différentes sous-directions en matière de production de normes et d’appui opérationnel en regroupant différemment certaines fonctions des anciens bureaux ; de créer de nouveaux bureaux liés à des compétences à développer ; de concentrer le nombre des sous-directions et des missions ; enfin, de garantir aux services déconcentrés le soutien opérationnel et méthodique d’une sous direction identifiée.

Ce nouvel organigramme se structure en trois sous-directions : personnes placées sous main de justice, organisation et fonctionnement des services déconcentrés, ressources humaines et relations sociales. S’y ajoutent toujours présents, le SCERI et l’Inspection des services pénitentiaires.

Cette réorganisation est appelée à évoluer, car réalisée dans le sens de la déconcentration, elle doit s’accompagner d’une amélioration des modes de relations entre les différents services.

 → La direction de la protection judiciaire de la jeunesse

La direction de l’éducation surveillée, par un décret du 21 février 1990 change de nom pour devenir la direction de la protection judiciaire de la jeunesse tandis que l'arrêté du 20 septembre 1990 précise une nouvelle organisation de la direction. Cette réorganisation suit également certaines des propositions contenues dans le rapport de la MODAC. Les critiques portaient notamment sur le rôle et la place de l’administration et des services extérieurs qui n’existent plus comme "une nébuleuse de petites équipes d’éducateurs... mais comme des structures administratives identifiées". La création d’un bureau de la formation et de la recherche répond à une critique selon laquelle la direction ne possédait pas d’outil de réflexion et de conception capable de donner corps à sa politique de même que la création d’un bureau de la programmation, de l’informatique et de la communication doit théoriquement répondre à la critique sur le manque d’outil d’évaluation de la direction. Quant au nouveau bureau des associations et de la décentralisation, il tente d’améliorer les modalités de contrôle de la direction sur les établissements. De même disparaît le bureau de la coordination.

La sous-direction de la prévention et de la protection judiciaire de la jeunesse devient celle de l’action éducative et des affaires judiciaires : affaires judiciaires et de la législation, méthodes de l’action éducative, formation et recherche (politique de recherche en liaison avec le centre de recherches interdisciplinaires de Vaucresson), associations et décentralisation (ses attributions dépassent largement celles de l’ancien bureau des associations). La seconde sous-direction qui garde sa dénomination se compose des bureaux du personnel et du statut, de la gestion financière des équipements, de la programmation, de l’informatique et de la communication.

Toutefois, des difficultés persistent qui constituent autant de défis pour la direction : déséquilibre entre les secteurs public et privé, missions des directions régionales et départementales à définir clairement, politiques de recrutement et de formation des personnels adaptées aux missions à mener à terme, véritable déconcentration à réussir.

 → La direction des services judiciaires

En ce qui concerne la direction des services judiciaires, la réforme de 1988 met en place un nouvel organigramme (arrêté du 1er mars 1988). Elle intervient afin de régler les difficiles relations entre les services judiciaires et la DAGE en matière d'informatisation : il y a désormais séparation des fonctions de maîtrise d'ouvrage et maîtrise d'œuvre. En amont de la division de l'informatique, un bureau de l'informatisation des juridictions est ajouté à la sous-direction de l'organisation judiciaire et le bureau des greffes devient le bureau des greffes et des implantations informatiques et bureautiques.

La direction se structure donc en 3 sous-directions : sous-direction de la magistrature (mouvements des magistrats, affaires générales des magistrats, statut des magistrats et contentieux des services judiciaires), sous-direction des greffes (fonctionnaires des services judiciaires, affaires générales des corps de fonctionnaires des greffes, greffes et implantations informatiques et bureautiques, mission d'inspection des greffes), sous-direction de l'organisation judiciaire et de la programmation (organisation judiciaire, fonctionnement des juridictions, gestion financière des personnels des services judiciaires, informatisation des juridictions).

L'organigramme de 1988 évolue ensuite par petites touches. Une première mise à jour apparaît déjà en 1993. La répartition des compétences informatiques entre la sous-direction de l’organisation judiciaire et de la programmation et celle des greffes est abolie. Un nouveau département de l’informatique judiciaire est créé. Il comprend le bureau de l’informatisation judiciaire, qui est retiré de la sous-direction de l’organisation judiciaire et de la programmation, et le nouveau bureau des chaînes civile et pénale, qui reçoit les attributions en informatique du bureau des greffes et des implantations informatiques et bureautiques, redevenu bureau des greffes.

En 1997, le département de l’informatique judiciaire n’existe plus. En revanche, ont été créés, au sein de la sous-direction de l’organisation judiciaire et de la programmation, une cellule pour le projet de conception de la nouvelle chaîne pénale et une mission informatique civile. A la sous-direction des greffes est rattaché le bureau de l’informatisation des juridictions.

En 2000, on trouve rattachés directement au directeur des services judiciaires la mission de modernisation, qui existe au moins depuis 1997, et la mission pour la réforme de la carte judiciaire. Le bureau de l’informatisation des juridictions a regagné la sous-direction de l’organisation judiciaire et de la programmation, et un bureau de l’organisation informatique des greffes a vu le jour à la sous-direction des greffes, recréant l’ancien bureau des greffes et des implantations informatiques et bureautiques. Le bureau de l’informatisation des juridictions est le correspondant de la commission de l’informatique, des réseaux et de la communication (COMIRCE) et participe à l’élaboration du schéma directeur national de l’informatique ; il suit la politique des bases de données juridiques.

Avec les arrêtés du 10 octobre 2001, la direction des Services judiciaires connaît la dernière réorganisation en date, qui entérine les évolutions enregistrées depuis 1988. A côté des trois sous-directions, la mission de modernisation estofficialisée, chargée de la mise en œuvre du programme d’actions pour la modernisation du service public de la justice et l’amélioration du fonctionnement des juridictions, notamment sur la question de l’accueil du public et de l’accès au droit.

Globalement, l'organisation de la direction des Services judiciaires n'est pas profondément bouleversée par ces arrêtés, par rapport à la réforme de 1988.

 → La direction de l’administration générale et de l’équipement

L'année 1991 a été marquée par une réorganisation importante du ministère de la Justice dans le cadre du renouveau du service public (décret 91-414 du 6 mai 1991). En ce qui concerne la DAGE, une réflexion avait été entamée dès 1989 par la MODAC et avait débouché sur la conclusion qu’il était nécessaire de resserrer le dispositif de la DAGE en repensant aux grandes attributions de la direction (réunion dans des sous-directions équilibrées les unes par rapport aux autres).

Deux arrêtés du 7 août 1991 organisent ainsi les cinq sous-directions :

• La sous-direction du budget, de la prévision et des affaires financières comprend un bureau du budget, un bureau de la comptabilité et du contrôle de gestion, un bureau des affaires juridiques et contentieuses.
• La sous-direction des ressources humaines, si elle ne gère que 2000 agents environ (administration centrale sauf magistrats ; corps communs : assistants sociaux et infirmiers) sur les 50000 que compte le ministère, est l'interlocutrice unique du ministère de la Fonction publique. En outre, elle mène une action en matière de coordination, d'action sociale et de pensions pour l'ensemble des personnels du ministère. Elle comprend un bureau de la coordination, de la formation et des relations professionnelles, un bureau des personnels, un bureau de la modernisation (qui assure également jusqu’en 1996 - repris par la direction des services judiciaires à partir de 1997 -le secrétariat de la mission modernisation, créée en 1989 afin de modifier les relations entre la centrale et les juridictions et favoriser la remontée des informations), un bureau des pensions des magistrats et des fonctionnaires du ministère, un bureau de l'action sociale et de la prévention médicale.
• La sous-direction de l'action immobilière et de la logistique évolue pour tenir compte de la déconcentration des opérations et de la technicité des ouvrages.Sa structure et ses attributions tiennent compte également de la création de la délégation pour la Réalisation des établissements pénitentiaires (DREP) puis de la délégation générale au Programme pluriannuel d'équipement (DGPPE) qui deviendra l'agence de maîtrise d'ouvrage des travaux du ministère de la justice (AMOTMJ): bureau des affaires administratives et de la programmation, bureau des opérations, bureau des études immobilières, bureau de la logistique et de l'administration centrale.
• La sous-direction de l'informatique tient compte de l'importance croissante de cette matière dans la modernisation des juridictions et des services : bureau de la programmation et des ressources informatiques, bureau des développements informatiques nationaux, bureau de l'architecture technique et de l'implantation à Versailles, bureau des services informatiques. Par ailleurs, la politique d'informatisation du ministère dépasse le cadre de cette seule sous-direction par l'intervention de la COMI (commission de l'informatique) chargée de la coordination des différents projets du ministère.
• La sous-direction de la statistique, des études et de la documentation veut répondre aux nouveaux besoins d'information : elle comprend un bureau des applications statistiques, un bureau des études et de la diffusion, un bureau de la documentation, un centre d'exploitation statistique à Nantes (c'est l'implantation du casier judiciaire à Nantes qui est à l'origine de la venue du centre statistique).