La gestion des personnes placées sous main de justice est un vaste champ de l’exécution des peines. Les archives produites dans ce domaine se trouvent tant au niveau de l’administration centrale qu’au niveau des établissements relevant de l’administration pénitentiaire et de la protection judiciaire de la jeunesse ou encore des services intermédiaires entre les établissements et la chancellerie (les directions régionales de l’administration pénitentiaire depuis 1948, réorganisées récemment en directions interrégionales ; les services départementaux et régionaux de la protection judiciaire de la jeunesse apparus en 1976 et transformées en directions régionales et départementales en 1988). La déconcentration tend à transférer certaines attributions de la centrale à ces services ou aux parquets des juridictions (le procureur étant compétent pour le contrôle de l’exécution des peines et en matière de contrôle et de surveillance de ces établissements).

Dans les établissements pénitentiaires, le noyau dur est constitué des archives du greffe, c’est-à-dire tout ce qui tourne autour de l’écrou, des fiches d’écrou au dossier individuel du prévenu ou du condamné. Celui-ci retrace tous les épisodes de la détention : le passage de la condition de prévenu à celle de condamné, l’orientation du condamné, l’aménagement de sa peine (permissions de sortie, réductions de peines, libérations conditionnelles, demandes de grâces, discipline). Il faut ajouter à cet ensemble toute une série de documents en général très mal conservés : registres de toutes sortes contrôlant les mouvements, procédures disciplinaires, registres et cahiers divers relatifs aux punis, registres des visiteurs, rapports d’activité du travail pénal, dossiers médicaux, dossiers individuels tenus par le service socio-éducatif. L'archivage dans les établissements s'est amélioré depuis la circulaire de 1985, récemment actualisée et complétée par la circulaire du 11 octobre 2007.

Les archives contemporaines de l’administration pénitentiaire centrale sont très abondantes en raison de la hiérarchisation forte de l’institution qui justifie une remontée massive d’informations. On peut d’autant plus s’en réjouir que ces archives de l’administration centrale pour la pénitentiaire sont fort lacunaires pour la période 1840-1950.

C’est ainsi que sont conservés des dossiers individuels de détenus, la centrale décidant au vu des pièces transmises par les autorités judiciaires et les établissements de l’orientation des condamnés à une peine lourde (tandis que sont conservés, au centre d’orientation de Fresnes ouvert depuis 50 ans, les dossiers établis pour déterminer le profil et l’orientation des condamnés à plus de 10 ans d’emprisonnement ou de réclusion). La centrale ouvre également un dossier à chaque incident survenu dans un établissement. De la même façon, c’est la centrale qui (jusqu'en 2000) instruit les demandes de libération conditionnelle pour les condamnés à plus de 5 ans, les dossiers pour les peines plus légères étant tenus au niveau des juges d’application des peines (en général très médiocrement archivés). La centrale produit également des dossiers par établissement ainsi que des dossiers d’inspection, l’inspection des établissements étant assurée par une inspection interne à l’administration pénitentiaire. Depuis quelques années, le milieu ouvert se développe, notamment par les comités de probation et d’assistance aux libérés et, depuis 1999, par les services pénitentiaires d’insertion et de probation.

Pour la protection judiciaire de la jeunesse, la conservation des archives de l’administration centrale et de l'école de formation (Centre national de formation et d'études de la protection judiciaire de la jeunesse , devenu en mars 2008 Ecole nationale de protection judiciaire de la jeunesse) est d’autant plus précieuse que l’archivage des établissements et foyers est, pour l'instant, très mauvais. Si les archives de quelques grandes institutions historiques ont pu être sauvées, les établissements actuels du secteur public qui sont des structures de plus en plus légères ne versent quasiment jamais leurs dossiers de jeunes tandis que les établissements privés recevant les jeunes placés sous main de justice ne considèrent que très exceptionnellement ces dossiers comme étant des archives publiques à verser. En revanche, les dossiers d’assistance éducative et les dossiers des mineurs délinquants sont un peu mieux versés par les juges des enfants à l’intérieur des juridictions.

De son côté, l’administration centrale conserve des dossiers rendant compte de la tutelle exercée sur les établissements du secteur public ainsi que du contrôle administratif, financier et pédagogique exercé sur les établissements du secteur privé : rapports d’inspection, rapports d’activité, documents relatifs au fonctionnement et aux demandes d’habilitation des établissements privés, statistiques diverses (dont les états mensuels des mineurs en détention).